QM KOMPUTASI 2.5.1 ADSORPSI • UPDATE TERBARU
Software
QM Komputasi 2.5.1 Adsorpsi
Aplikasi kimia komputasi berbasis Streamlit untuk pembelajaran dan riset yang kini dilengkapi studi energi adsorpsi molekul/klaster. Selain pembuatan/konversi struktur, input TXT/Gaussian-like, komputasi QM/semiempirik, visualisasi orbital 3D, QSAR/QSPR, monitoring job, Pusat Hasil, Analisis ChatGPT, dan Research Complete, versi terbaru menghitung E_ads dari energi adsorben, adsorbat, dan kompleks dengan konfigurasi komputasi yang konsisten.
PySCFRDKitJSMEMOPACxTBDFTB+Psi4ORCAOpenMMEnergi AdsorpsiStreamlit ≥ 1.63
AKSES CEPAT
QM Komputasi 2.5.1 Adsorpsi
Pindai QR Code atau klik tautan berikut untuk membuka halaman QM Komputasi V2.5.1. Dokumentasi pada halaman ini telah diperbarui untuk edisi Adsorpsi.
https://s.id/qmkomputasi
Update energi adsorpsi
Menu baru Energi Adsorpsi menyiapkan adsorben, adsorbat, dan kompleks A···B, mengatur situs/jarak/orientasi, menjalankan tiga perhitungan konsisten, lalu menghitung E_ads dalam Eh, eV, kJ/mol, dan kcal/mol.
Untuk pembelajaran dan riset
Mahasiswa dapat memahami alur input → metode → running → output → validasi, termasuk studi adsorpsi; peneliti dapat menyimpan provenance, membandingkan konfigurasi adsorpsi, membuka riwayat run, dan menyiapkan data analisis.
Prinsip ilmiah
Status Completed berarti proses selesai, bukan otomatis berarti model benar. Untuk adsorpsi, periksa juga konsistensi A/B/A···B, posisi awal, spin, dan keterbatasan bahwa E_ads bawaan adalah energi elektronik tanpa koreksi BSSE, ZPE, termal, atau entropi.
Peta dokumentasiSemua kelompok fitur 2.5.1 Adsorpsi + Energi Adsorpsi
Gunakan menu atas atau kartu berikut untuk berpindah ke bagian yang diperlukan.
Instalasi & UpdateDEB, venv, lokasi data, upgrade/reinstall.
UtilitasDEB Viewer, Compound Converter, JSME 2D.
Input & Editor50 preset, TXT, SMILES, InChI, file, katalog persisten.
Backend & MetodePySCF, semiempirik, MOPAC, xTB, DFTB+, Psi4, ORCA.
Energi AdsorpsiAdsorben + adsorbat + kompleks, posisi/orientasi, PySCF/xTB, E_ads dan ekspor hasil.
Parameter & Sumber DayaSCF, grid, CPU, GPU, memori, RI, preopt, seed.
Running & MonitoringBackground worker, progress, log, Stop aman.
Output & VisualisasiEnergi, struktur, orbital 3D, cube, frekuensi, descriptor, dan ringkasan E_ads.
Pusat HasilRiwayat run lama/baru, file, provenance, per-molekul.
Analisis ChatGPTFolder-first, digest otomatis, prompt & bundle audit.
20 Contoh RisetTemplate pembelajaran + konversi langsung ke Input TXT.
Research CompleteDoctor, konformer, xTB, DFTB+, Psi4, BSSE/SAPT, OpenMM.
TroubleshootingremoveChild, dependensi, backend, reset venv, uninstall.
Rilis utama terbaru
Unduhan QM Komputasi 2.5.1 Adsorpsi
Panduan instalasi rilis terbaru
Instalasi Windows, Debian/Ubuntu/WSL & Lokasi Data
Rilis publik terbaru menyediakan paket Windows x64 ZIP dan paket Debian qm-komputasi-adsorpsi versi 2.5.1-2. Build DEB menjalankan QM Komputasi 2.5.1 dengan menu Energi Adsorpsi dan secara otomatis memeriksa serta membebaskan port server 8501 sebelum startup.
1. Windows x64
1
Unduh dan ekstrak ZIP
Ekstrak seluruh isi ZIP ke satu folder lokal. Jangan menjalankan executable langsung dari dalam arsip ZIP.
2
Jalankan aplikasi Windows
Jalankan executable QM Komputasi yang disertakan pada paket. Bila Windows menampilkan peringatan keamanan, pastikan file berasal dari tautan rilis di halaman ini.
3
Buka antarmuka
Aplikasi menggunakan server lokal Streamlit; browser akan membuka alamat lokal yang dicetak aplikasi.
2. Debian / Ubuntu / WSL
sudo apt update
sudo apt install ./qm-komputasi-adsorpsi_2.5.1-2_all.deb
qm-komputasi-adsorpsi
Launcher build DEB akan memeriksa port 8501, menghentikan proses lama yang masih memegang port tersebut bila dapat diakses, lalu menjalankan aplikasi. Runtime Python dipilih dari conda environment aktif, environment kimia yang dikenal, atau venv privat pengguna.
3. Pembaruan / reinstall build 2.5.1-2
sudo apt install --reinstall ./qm-komputasi-adsorpsi_2.5.1-2_all.deb
qm-komputasi-adsorpsi
4. Lokasi penting build DEB
Aplikasi paket/opt/qm-komputasi-adsorpsi/qm-komputasi_2.5.1_adsorpsi.py
Launcher/usr/bin/qm-komputasi-adsorpsi
Data pengguna~/.local/share/qm-komputasi/
Riwayat run~/.local/share/qm-komputasi/qm_runs/
Katalog molekul~/.local/share/qm-komputasi/upload_molekul.json
5. Dependensi Python inti
streamlit ≥ 1.63.0numpypandasscipyrdkitpyscfgeometricpybernyasepy3Dmolpackaging
Backend eksternal seperti xTB, MOPAC, DFTB+, Psi4, ORCA, Gaussian/NBO, Open Babel, atau komponen riset lain tetap memerlukan executable, parameter, atau lisensi yang sesuai bila fitur tersebut dipilih.
6. Verifikasi versi paket DEB
dpkg-query -W -f='${Package} ${Version}\n' qm-komputasi-adsorpsi
which qm-komputasi-adsorpsi
Hasil paket seharusnya menunjukkan qm-komputasi-adsorpsi 2.5.1-2. Antarmuka memuat menu 🧲 Energi Adsorpsi.
Data run tidak ikut dihapus ketika paket di-upgrade. Build DEB tetap menggunakan direktori data pengguna ~/.local/share/qm-komputasi/, sehingga riwayat run lama tetap dapat dipindai oleh Pusat Hasil dan Analisis ChatGPT.
Utilitas terintegrasi
DEB Viewer, Compound Converter & JSME 2D
1. DEB Package Viewer
Viewer bersifat read-only untuk membaca database dpkg pada Debian/Ubuntu/WSL. Ia tidak menginstal, menghapus, purge, atau upgrade paket.
Pencarian & filter
Cari berdasarkan nama/deskripsi/maintainer; filter architecture, section, dan priority.
Ringkasan sistem
Menampilkan total paket, jumlah hasil filter, total ukuran terpasang, dan ukuran hasil filter.
Detail paket
Versi, arsitektur, status, maintainer, homepage, source, Depends, Recommends, Suggests, dan APT policy.
Ekspor
Daftar hasil filter dapat disimpan sebagai CSV/JSON; daftar file sebuah paket dapat diunduh sebagai TXT.
2. Compound Name & Structure Converter
Utilitas konversi memakai PubChem PUG REST untuk pencarian online dan RDKit untuk struktur lokal. DECIMER bersifat opsional untuk mengenali gambar struktur.
Nama trivial / IUPACSMILESStandard InChIMOL / SDF / SDGambar struktur → SMILES (DECIMER)Fallback lokal RDKit bila PubChem tidak tersedia
Identitas
PubChem title, IUPAC, CID, formula, massa molar
JSON
Identifier
SMILES, Connectivity SMILES, InChI, InChIKey
Dapat disalin
Struktur 2D
Rendering RDKit
PNG
Struktur 3D
XYZ dengan H eksplisit; ETKDGv3 + MMFF94s/UFF bila tersedia
XYZ
3. JSME 2D — Editor Struktur Ringan
JSME digunakan untuk menggambar atau mengedit struktur dalam 2D. Pengguna dapat memulai dari kanvas kosong atau dari preset/katalog yang sudah tersimpan, lalu menetapkan nama, charge, dan multiplicity.
Yang dilakukan editor
Menggambar atom, ikatan, cincin, functional group, menghasilkan Molfile/SMILES, dan menyimpan struktur ke katalog QM Komputasi.
Yang dilakukan setelah Simpan
RDKit memvalidasi struktur dan membuat geometri 3D terpisah untuk komputasi. Editor JSME sendiri tetap 2D agar ringan.
Router dialog 2.5.1: DEB Viewer, Compound Converter, dan JSME 2D dibuat eksklusif sehingga hanya satu utilitas aktif setelah diklik dan state dialog lama tidak membuka utilitas yang salah.
Struktur dan konfigurasi
Input Molekul, Input TXT & Editor
1. Sumber input molekul
50 preset bawaanJSME 2DTambah SMILESTambah InChIPath file lokalUpload file strukturInput TXT/GJF/COM/INPKatalog molekul persisten
Format file yang dapat dibaca langsung mencakup SDF, MOL, MOL2, PDB, XYZ, SMI/SMILES, serta InChI/TXT. Format lain dapat dicoba melalui Open Babel bila tersedia.
2. Katalog persisten
Molekul yang ditambahkan melalui SMILES, InChI, file lokal, upload, atau JSME disimpan di katalog JSON pengguna. Struktur baru ditempatkan di bagian atas katalog, dan rerun Streamlit tidak membuat duplikasi identik.
3. Input TXT / Gaussian-like
File .txt, .gjf, .com, atau .inp dapat membawa struktur sekaligus konfigurasi komputasi. Mode TXT dapat memulihkan program, job, metode, basis, optimizer, Add-On, CPU, memori, SCF tolerance, DFT grid, cube grid, seed, GPU, DFTB, Psi4, temperatur/tekanan, dan parameter lain yang didukung.
%project=Water_Opt_Freq
%program=PySCF
%job=Geometry Optimization + Frequency
%method=B3LYP
%basis=def2-SVP
%optimizer=geomeTRIC melalui PySCF
%addon=IR
%nprocshared=4
%mem=4000MB
%scf_conv_tol=1e-9
%grid_level=3
%cube_grid=60
%seed=20260820
%preopt=false
# B3LYP/def2-SVP Opt Freq
[MOLECULE]
name=Water
format=XYZ
charge=0
multiplicity=1
data:
3
Water
O 0.000000 0.000000 0.000000
H 0.758600 0.000000 0.504300
H -0.758600 0.000000 0.504300
[/MOLECULE]
4. Ekspor ulang seluruh konfigurasi ke TXT 2.5.1
Setelah molekul dan pengaturan dipilih, tombol 💾 Simpan Molekul + Semua Pengaturan sebagai TXT membuat deck yang dapat dimuat kembali. Ini penting untuk reproducibility, pengajaran, dan pemindahan konfigurasi antar-komputer.
5. Editor daftar molekul
Setiap molekul yang terbaca masuk ke tabel editor berisi status Pakai, nama, formula, SMILES, InChIKey, muatan, multiplicity, dan sumber. Nama, charge, multiplicity, serta pilihan molekul dapat disesuaikan sebelum job dimulai.
6. Preview 2D/3D sebelum running
Untuk molekul terpilih, aplikasi menampilkan struktur 2D, identitas kimia, dan visualisasi 3D interaktif bila py3Dmol tersedia.
Mesin perhitungan
Backend, Job, Metode, Basis & Add-On
1. Backend utama
PySCFHF/DFT/MP2, geometri, properti elektronik, orbital, Mulliken, density/MEP/HOMO/LUMO cube.
PySCF SemiempiricalMINDO/3 dan AM1. Frequency tidak dipaksakan bila Hessian tidak didukung.
MOPAC CLIMNDO, AM1, PM3, RM1, MNDOD, PM6 dan koreksinya, PM7.
xTB CLIGFN2-xTB, GFN1-xTB, GFN0-xTB.
DFTB+ CLIDFTB2/SCC atau DFTB3 dengan parameter Slater–Koster eksplisit.
Psi4 CLIHF, B3LYP, PBE0, M06-2X, wB97X-D, MP2, SAPT0; Standard, TS, IRC, Counterpoise BSSE, SAPT0.
ORCA CLIHF/RHF/ROHF/UHF dan DFT terpilih termasuk B3LYP, PBE, PBE0, BP86, M06-2X, CAM-B3LYP.
2. Jenis job
Single PointSingle Point + GradientGeometry OptimizationGeometry Optimization + Final GradientFrequency AnalysisGeometry Optimization + Frequency
3. Metode PySCF
HF/RHF/ROHF/UHF; LDA (SVWN); PBE, BP86, BLYP, B3LYP, B3LYP-D3BJ, PBE0, PBE0-D3BJ, TPSS, TPSSh, M06-L, M06-2X, CAM-B3LYP, ωB97X-D3BJ, SCAN; serta MP2 untuk job yang didukung.
4. Basis set
Lebih dari 20 pilihan dibagi ke kelompok Small, Medium, Large, Very large, mencakup keluarga Pople, def2, correlation-consistent, augmented, dan pcseg. Default PySCF: def2-SVP.
5. Add-On
NoneIRThermodynamicsUV-VisNMRRamanΔH f (g3mp2)NBO (def2-TZPP)
PySCF-compatible
IR, Thermodynamics, UV-Vis, dan NMR memakai jalur properti PySCF bila kombinasi backend/metode mendukung.
Backend eksternal
Raman memakai ORCA; ΔHf (g3mp2) memerlukan Gaussian; NBO memakai ORCA + NBO6/7 dengan basis def2-TZPP.
MOPAC: Final heat of formation adalah ΔHf/heat of formation, bukan total electronic energy. Jangan mempertukarkan kedua besaran ini.
Fitur baru rilis Adsorpsi
🧲 Studi Energi Adsorpsi Molekul / Klaster
Menu Energi Adsorpsi menghitung energi adsorpsi elektronik dari tiga komponen yang diproses dengan backend, metode, basis, dan jenis job yang sama: adsorben A, adsorbat B, dan kompleks A···B.
1. Definisi energi yang digunakan
E_ads = E_complex - E_adsorbent - E_adsorbate
Dengan definisi tersebut, nilai E_ads negatif berarti kompleks A···B memiliki energi elektronik lebih rendah daripada jumlah energi komponen bebas pada model yang dihitung. Hasil ditampilkan dalam Hartree (Eh), eV, kJ/mol, dan kcal/mol.
2. Input adsorben dan adsorbat
Contoh bawaanSMILES / InChIXYZ teksUpload XYZUpload SDF / MOL / MOL2Upload PDB
Masing-masing komponen memiliki pengaturan charge dan multiplicity (2S+1). Aplikasi memeriksa konsistensi paritas elektron dan spin, terutama penting untuk atom atau klaster logam.
3. Penempatan kompleks awal A···B
Situs adsorben
Pilih pusat atom berat atau atom tertentu sebagai situs adsorpsi.
Arah normal
Gunakan definisi bidang/normal yang sesuai untuk mengarahkan adsorbat terhadap adsorben.
Anchor & sumbu adsorbat
Pilih atom anchor atau pusat geometri dan, bila relevan, dua atom pembentuk sumbu orientasi.
Jarak & orientasi
Atur jarak vertikal, sejajar bidang (0°), tegak bidang (90°), sudut bebas, azimut, dan offset lokal.
Aplikasi membuat preview 3D kompleks awal, melaporkan jarak minimum antarkomponen, menampilkan koordinat, dan menyediakan unduhan struktur awal kompleks dalam format XYZ.
4. Backend dan job adsorpsi
PySCFB3LYP, PBE, HF, B3LYP-D3BJ, atau PBE0-D3BJ; basis def2-SVP, def2-TZVP, def2-SVPD, def2-TZVPD, atau aug-cc-pVDZ.
xTB CLIDigunakan sebagai jalur cepat untuk penyaringan/optimasi posisi awal dengan keluarga metode xTB yang tersedia.
Jenis jobGeometry Optimization atau Single Point. Pada optimasi, adsorben, adsorbat, dan kompleks direlaksasi secara terpisah.
Ketiga komponen dijalankan sebagai satu studi dengan konfigurasi komputasi yang konsisten. Perubahan jumlah atom, SCF yang tidak konvergen, energi yang tidak valid, atau ketidaksesuaian konfigurasi akan membuat ringkasan E_ads berstatus tidak lengkap.
5. Output studi adsorpsi
E_adsorbent (Eh)E_adsorbate (Eh)E_complex (Eh)E_ads (Eh)E_ads (eV)E_ads (kJ/mol)E_ads (kcal/mol)JSON / CSV / summary.log
Ringkasan disimpan sebagai adsorption_result.json dan adsorption_result.csv, serta ditambahkan ke summary.log. Pusat Hasil dan Analisis ChatGPT dapat menggunakan artefak folder run tersebut untuk pembahasan berbasis data.
6. Batas ilmiah yang harus dicatat
E_ads bawaan adalah energi adsorpsi elektronik tanpa koreksi. Nilainya belum memasukkan BSSE, zero-point energy (ZPE), koreksi termal, entropi, atau model permukaan periodik. Fitur ini ditujukan untuk model molekul/klaster hingga; hasil tidak boleh otomatis diperlakukan sebagai energi bebas adsorpsi atau hasil slab periodik.
Praktik yang dianjurkan: uji beberapa posisi awal, jarak, orientasi, dan keadaan spin yang masuk akal; gunakan tingkat teori yang konsisten untuk ketiga komponen; lalu dokumentasikan definisi E_ads dan koreksi yang belum diterapkan.
Kontrol komputasi
Parameter, GPU, Dependensi & Pemeriksaan
1. Parameter umum
OptimizergeomeTRIC, PyBerny, ASE-BFGS pada jalur PySCF yang sesuai.
Cube grid30–160 titik/sumbu; default 60 untuk density/MEP/HOMO/LUMO cube PySCF.
SCF tolerance1e-3 sampai 1e-10; default 1e-9.
DFT grid level1–9; default 3.
Max optimizationDefault 100 langkah.
Max SCF cycleDefault 120 siklus.
CPU threadsDefault 2, hingga batas yang disediakan UI.
MemoryDefault 4000 MB.
Density fitting / RIOpsional; default OFF.
Random seedDefault 20260820 untuk reproducibility geometri awal.
Pre-optimasiMMFF94/UFF untuk input tanpa geometri awal yang baik.
2. GPU & GPU4PySCF 2.5.1
Bila GPU terdeteksi, aplikasi menampilkan nama device dan jumlah GPU. Opsi Gunakan GPU4PySCF bila tersedia hanya aktif bila backend GPU4PySCF benar-benar tersedia; bila tidak, PySCF tetap memakai CPU tanpa mengganti hasil secara diam-diam.
GPU ThreadsMencatat jumlah worker host untuk jalur GPU; penjadwalan kernel CUDA tetap dikelola backend/driver.
3. Parameter backend khusus
DFTB+Direktori Slater–Koster, SCC ON/OFF, Max SCC iterations.
Psi4Workflow Standard/TS/IRC/Counterpoise/SAPT0 dan solvent PCM.
UV-VisJumlah excited states, default 20.
Thermo/RamanTemperature dan Pressure, default 298.15 K dan 101325 Pa.
4. Status backend dan dependency repair
Sidebar menampilkan status setiap backend. Expander 🧰 Laporan cek & instal dependensi merinci dependensi yang tersedia atau gagal. Tombol pemeriksaan ulang dapat mencoba menyiapkan kembali dependensi yang belum ada.
5. Checklist sebelum Run
- Identitas dan konektivitas molekul benar.
- Charge dan multiplicity sesuai keadaan kimia/spin.
- Program, metode, basis/parameter sesuai tujuan riset.
- Job didukung oleh backend dan metode yang dipilih.
- Parameter Slater–Koster, force field, atau executable eksternal tersedia bila diperlukan.
- CPU, GPU, memori, SCF cycle, dan optimization steps memadai.
- Nama proyek cukup jelas agar folder run mudah dilacak kembali.
Tidak ada fallback ilmiah diam-diam. Jika backend/parameter eksternal tidak tersedia, aplikasi harus melaporkan keterbatasan daripada mengganti metode dengan metode lain seolah-olah ekuivalen.
Eksekusi job
Running, Worker, Progress Log & Stop Aman
1. Snapshot konfigurasi sebelum job
Saat tombol Run diklik, aplikasi membuat snapshot konfigurasi aktif—project, backend, metode, basis, job, optimizer, Add-On, toleransi, sumber daya, GPU, DFTB, Psi4, dan parameter lain—agar perubahan UI setelah itu tidak mengubah job yang sedang berjalan.
2. Tombol operasi
▶ Jalankan Job⏹ Stop📂 Folder job🗂 Buka folder💾 Simpan konfigurasi ke TXT🔄 Auto-refresh status
3. Background worker
Perhitungan berjalan terpisah dari antarmuka sehingga status dapat dipantau. Nama proyek dipakai sebagai bagian identitas folder/file job untuk mempermudah penelusuran hasil.
4. Monitor status
Statusstarting, running, completed, failed, atau stopped.
ProgressPersentase dan jumlah molekul selesai/total.
Progress logBaris terakhir progress.log, dengan tombol salin.
Errorerror.log, traceback terstruktur, dan daftar error per molekul.
5. Stop pada checkpoint aman
Permintaan Stop tidak membuang hasil yang sudah selesai. PySCF diperiksa pada siklus SCF/langkah optimasi, sedangkan proses eksternal seperti MOPAC/xTB/ORCA dapat diterminasi sesuai mekanisme backend.
6. Setelah selesai
Ketika state menjadi completed/failed/stopped dan worker sudah berhenti, aplikasi melakukan rerun penuh satu kali agar sidebar dan tombol Run kembali aktif serta hasil akhir tetap terlihat.
Pilih molekul → validasi parameter → simpan konfigurasi TXT bila perlu → Run → pantau progress/log → Stop bila diperlukan → baca ringkasan & detail → unduh ZIP atau buka Pusat Hasil.
Hasil perhitungan
Output, Visualisasi, Descriptor & Unduhan
1. Ringkasan hasil
Energi multi-satuanΔHf MOPACE_ads adsorpsiHOMOLUMOGapMomen dipolGradienMode frekuensi
Untuk total electronic energy, aplikasi menyediakan Eh/Hartree (a.u.), eV, kJ/mol, kcal/mol, dan cm⁻¹. Untuk MOPAC heat of formation, kolom ΔHf dilaporkan terpisah. Studi adsorpsi menambahkan E_ads dalam Eh, eV, kJ/mol, dan kcal/mol dari tiga energi elektronik A, B, dan A···B.
2. Tab detail per molekul
Struktur final 3DKoordinatGeometri lengkapOrbitalMuatan MullikenFrekuensiAdd-OnQSAR/QSPRFile struktur & cube
3. Geometri lengkap
Aplikasi membentuk tabel seluruh panjang ikatan, sudut ikatan, sudut dihedral, riwayat energi optimasi, serta satu tabel gabungan geometri + energi yang dapat disimpan sebagai CSV.
4. Orbital frontier 3D interaktif 2.5.1
Pada hasil PySCF yang memiliki cube HOMO/LUMO, klik baris HOMO atau LUMO untuk membuka isosurface 3D. Isovalue dapat diatur sekitar 0.005–0.100. Dua warna permukaan menunjukkan fase fungsi gelombang, bukan muatan positif/negatif.
Batas visualisasi: file cube yang terlalu besar tidak dipaksakan masuk viewer. Cube tetap dapat diunduh sebagai artefak hasil.
5. Cube PySCF
DensityMEPHOMOLUMO
MEP juga diringkas melalui statistik minimum, maksimum, dan mean bila datanya tersedia.
6. QSAR/QSPR lengkap
Descriptor mencakup seluruh scalar descriptor RDKit yang tersedia (umumnya lebih dari 200 pada rilis modern), descriptor 3D, volume molekul, ringkasan muatan Gasteiger, descriptor QM, dan conceptual-DFT bila HOMO/LUMO tersedia.
Descriptor RDKit 3D
Asphericity, Eccentricity, Inertial Shape Factor, NPR1/NPR2, PMI1/2/3, Radius of Gyration, Spherocity Index, Molecular Volume.
Conceptual-DFT
Koopmans IP, EA, electronegativity, chemical potential, global hardness, global softness, electrophilicity index.
7. Unduhan hasil
Ringkasan CSVAdsorption JSON/CSVOptimasi/geometri CSVFrekuensi CSVAdd-On CSVQSAR/QSPR CSVXYZMOLSDFPDBCubeSeluruh run ZIP
MOL/SDF/PDB mempertahankan tabel ikatan/konektivitas dari struktur yang dikelola aplikasi. ZIP seluruh input/output/log disediakan setelah worker berhenti.
Riwayat run
📚 Pusat Hasil
Pusat Hasil membaca folder fisik qm_runs/runs secara folder-first sehingga run lama tetap dapat terlihat walau struktur JSON lama berbeda.
1. Navigasi hasil
📋 Overview🧪 Hasil per molekul🧠 Elektronik & orbital📐 Geometri🎵 Frequency🧩 Add-On📊 QSAR/QSPR📁 File & provenance
2. Daftar proyek/run
Sidebar menampilkan status, nama proyek, jumlah hasil, total pekerjaan, sumber folder, dan waktu pembaruan. Tombol Pindai ulang memeriksa kembali folder hasil.
3. Checklist pekerjaan
Overview merangkum ketersediaan manifest input, folder molekul, energi, optimasi, HOMO/LUMO, dipol, Mulliken, frequency, Add-On, QSAR/QSPR, log, summary, serta artefak studi adsorpsi bila tersedia.
4. Detail yang dapat dibuka
Energi & metode
Ringkasan konfigurasi, backend, metode, basis, job, dan energi yang tersedia.
Status & log
Pilih progress/error/summary atau data status lain yang ditemukan.
File hasil
Pilih file, buka lokasi pada sistem, atau unduh file terpilih.
Provenance
config.json, input_manifest.json, dan berkas metadata lain.
5. Stabilitas frontend 2.5.1
- Daftar view dibuat tetap, tidak berubah mengikuti isi run.
- Selector molekul selalu berada pada posisi DOM yang sama dan hanya dinonaktifkan bila tidak diperlukan.
- Header Pusat Hasil memakai elemen Streamlit native.
- Tabel ringkasan dibuat lebih stabil untuk mengurangi error React
removeChild.
- Browser translation guard menandai halaman sebagai
translate=no agar penerjemah browser tidak mengubah node DOM React.
Analisis berbasis bukti
🧠 Analisis ChatGPT Berbasis Folder Run
Sumber analisis adalah satu folder run. Pengguna tidak perlu memilih atau mengunggah summary.log, JSON, CSV, cube, dan file lain satu per satu.
1. Folder terbaru dan riwayat
1
Pilih menu Analisis ChatGPT
Folder output terbaru dipilih sebagai default dan diberi status terbaru.
2
Pilih run lama bila diperlukan
Dropdown di sidebar membaca daftar folder riwayat hasil.
3
Pipeline memindai rekursif
Log, JSON, CSV, geometri, descriptor, orbital/cube, struktur, dan provenance digunakan bila tersedia.
4
Buka ChatGPT
Tombol analisis menyiapkan master prompt dan digest berbasis data folder aktif.
2. Artefak yang dipindai
summary.log, progress.log, error.log, .out, .aux, .dat.results.json, result.json, *_result.json, adsorption_result.json, adsorption_result.csv, status.json, config.json, dan input_manifest.json.- CSV koordinat, ikatan, sudut, dihedral, riwayat optimasi, orbital, Mulliken, frekuensi, thermochemistry, QSAR/QSPR, dan Add-On.
- XYZ/MOL/SDF/PDB dan artefak cube. File biner besar dicatat sebagai metadata/provenance, bukan disisipkan sembarangan sebagai teks.
3. Digest ilmiah otomatis
Digest mencakup konfigurasi, status konvergensi, energi, E_ads bila studi adsorpsi tersedia, HOMO/LUMO/gap, dipol, gradien, frekuensi, geometri, Mulliken, thermochemistry, Add-On, descriptor penting, statistik cube, error, dan inventaris file—hanya sejauh data tersebut benar-benar tersedia.
4. Audit & reproducibility
Preview prompt⬇ Bundle lengkap otomatis⬇ Master Prompt lengkap📋 Inventaris folder📂 Buka folder run
Aturan interpretasi: prompt 2.5.1 menuntut klaim spesifik berbasis angka/log/struktur yang tersedia. Data yang tidak tersedia harus dinyatakan sebagai keterbatasan, bukan ditebak.
Pembelajaran berbasis kasus
🧪 20 Contoh Riset
Setiap contoh memuat judul, tujuan, input sampel, SMILES, XYZ 3D awal, rancangan metode, basis/job, teknik analisis, dan opsi konversi langsung menjadi Input TXT yang kompatibel dengan menu Komputasi.
1. Daftar contoh
- Optimasi Geometri dan Ikatan O–H pada Air.
- Struktur Elektronik Amonia dan Momen Dipol.
- Energi dan Simetri Molekul Metana.
- Vibrasi Regang CO₂ dan Karakter Molekul Linear.
- Gugus Karbonil Formaldehida: MEP dan HOMO–LUMO.
- Ikatan Hidrogen dan Polaritas Metanol.
- Konformer Etanol: Anti dan Gauche.
- Spektrum IR Aseton dan Karakter C=O.
- Asam Asetat: Konformasi dan Distribusi Muatan.
- Benzena: Delokalisasi π dan Orbital Frontier.
- Fenol: Pengaruh Gugus –OH pada Cincin Aromatik.
- Anilina: Donasi Pasangan Elektron N ke Sistem Aromatik.
- Piridina: Basa Aromatik dan Pusat Akseptor.
- Glisina: Pencarian Konformer Molekul Asam Amino.
- Alanina: Konformasi dan Stereokimia.
- Aspirin: MEP, HOMO–LUMO, dan Situs Reaktivitas.
- Kafeina: Descriptor Elektronik dan QSAR/QSPR.
- Ibuprofen: Ensemble Konformer dan Energi Relatif.
- Parasetamol: Pola Donor/Akseptor Ikatan Hidrogen.
- Urea: Resonansi, Planaritas, dan Ikatan C–N.
2. Dua profil konversi TXT
Sesuai tujuan riset
Memilih metode/basis/job yang paling dekat dengan rancangan contoh, tetapi tetap dibatasi pada kombinasi yang didukung UI utama.
Default QM Komputasi
Menggunakan baseline PySCF + B3LYP/def2-SVP + Geometry Optimization.
3. Gunakan langsung sebagai Input Molekul 2.5.1
Selain mengunduh file TXT, tombol 📥 Gunakan langsung sebagai Input Molekul menerapkan deck ke session aplikasi dan memindahkan pengguna kembali ke menu Komputasi.
4. Catatan penting
XYZ pada halaman contoh merupakan geometri awal otomatis, bukan hasil final optimasi QM. Contoh berfungsi sebagai template pembelajaran; metode akhir harus disesuaikan dengan hipotesis, ukuran sistem, sumber daya, dan target akurasi.
Workflow lanjutan
🧪 Research Complete
Lapisan riset tambahan menjalankan engine eksternal hanya bila benar-benar tersedia. Tidak ada parameter DFTB/force field yang diunduh atau diganti otomatis secara diam-diam.
1. Doctor
Memeriksa kesiapan executable/library riset dan menyimpan doctor_report.json berisi versi, timestamp, dan status komponen.
2. Conformer Ensemble
InputSMILES atau InChI.
KontrolJumlah embed, prune RMSD (Å), Top-N.
TujuanEksplorasi konformasi sebelum tahap komputasi lebih mahal.
3. xTB
Menjalankan GFN2-xTB pada XYZ dengan opsi optimasi dan solvent ALPB seperti water bila didukung instalasi xTB.
4. DFTB+
Input XYZ dan direktori Slater–Koster wajib diberikan. Aplikasi tidak memilih parameter Slater–Koster secara diam-diam.
5. Psi4 / TS / IRC
energyoptimizetsircPCM solventinput Psi4 dapat ditinjau sebelum Run
Metode dan basis dapat ditentukan eksplisit pada tab Research Complete.
6. BSSE / SAPT
Dua fragmen diberikan eksplisit. Mode cp (counterpoise) atau sapt0 dapat dibangun melalui Psi4 tanpa mengubah geometri dimer secara diam-diam.
7. OpenMM / Molecular Dynamics
Readiness memeriksa OpenMM, OpenFF Toolkit, dan OpenMMForceFields. Jalur MD aktual memerlukan PDB + OpenMM System XML yang sudah diparameterisasi.
Kontrol MDSteps, temperature, timestep, dan platform CPU/CUDA/OpenCL/Reference.
8. Scientific Gate
Masukkan daftar frekuensi dan ambang frekuensi imajiner bermakna (default contoh 50 cm⁻¹). Hasil gate membantu klasifikasi awal minimum/TS.
Scientific Gate bukan pengganti verifikasi mekanisme. Transition state final tetap harus diperiksa bahwa mode imajinernya sesuai koordinat reaksi; untuk mekanisme, IRC sebaiknya menghubungkan dua minimum yang relevan.
Pembacaan ilmiah
Interpretasi Hasil & Validasi Minimum
1. Energi
Bandingkan energi hanya untuk sistem dan definisi energi yang konsisten. Jangan menyamakan total electronic energy dengan ΔHf MOPAC. Untuk optimasi, ΔE = Efinal − Einitial hanya salah satu indikator perjalanan optimasi.
2. Konvergensi
Status Completed tidak selalu identik dengan SCF converged atau struktur minimum yang tervalidasi. Periksa log, status SCF, gradien, riwayat energi, dan pesan backend.
3. HOMO/LUMO dan descriptor konseptual
HOMO/LUMO, gap, IP/EA berbasis Koopmans, hardness, softness, electronegativity, chemical potential, dan electrophilicity adalah descriptor model elektronik. Gunakan sebagai pendukung interpretasi, bukan bukti tunggal reaktivitas atau aktivitas biologis.
4. MEP, Mulliken & dipol
MEP dan muatan atom bergantung pada model/perhitungan. Muatan Mulliken sangat sensitif terhadap basis set; sebutkan metode dan basis saat melaporkannya. Dipol dilaporkan sebagai komponen vektor dan magnitude dalam Debye bila tersedia.
5. Geometri
Periksa konektivitas, panjang ikatan, sudut, dihedral, dan kewajaran struktur akhir. Geometri awal RDKit/MMFF/UFF bukan pengganti optimasi QM.
6. Frequency
MinimumUmumnya tidak memiliki frekuensi imajiner bermakna.
Transition stateMemerlukan satu mode imajiner relevan yang sesuai koordinat reaksi dan idealnya diverifikasi lebih lanjut.
ThermochemistryPastikan temperatur, tekanan, model frekuensi, dan asumsi termokimia dicatat.
7. Interpretasi energi adsorpsi
Untuk studi adsorpsi, gunakan definisi E_ads = E_complex - E_adsorbent - E_adsorbate. Nilai negatif pada definisi ini menunjukkan stabilisasi elektronik relatif kompleks terhadap komponen bebas yang dihitung secara konsisten. Jangan menyebut nilai bawaan sebagai energi bebas adsorpsi karena build ini belum menerapkan BSSE, ZPE, koreksi termal, atau entropi.
8. Reproducibility
Untuk laporan, catat versi aplikasi, backend, struktur awal, charge, multiplicity, metode/fungsional, basis/parameter, job, optimizer, toleransi SCF, DFT grid, CPU/GPU, memori, Add-On, temperatur/tekanan, solvent, dan prosedur validasi.
Struktur benar → spin benar → backend/method benar → konvergensi → geometri → frequency bila relevan → properti elektronik → E_ads bila studi adsorpsi → descriptor → keterbatasan → kesimpulan berbasis data.
Rilis publik terbaru 2.5.1-2
Unduhan Windows/DEB, Pemeriksaan & Troubleshooting
1. Pemeriksaan cepat
dpkg -s qm-komputasi-adsorpsi
which qm-komputasi-adsorpsi
dpkg-query -W -f='${Package} ${Version}\n' qm-komputasi-adsorpsi
qm-komputasi-adsorpsi --cloud-check
2. Jika dependensi Python rusak
Launcher terbaru melakukan pemeriksaan import dependensi inti dan memasangnya pada runtime yang dipilih bila belum lengkap. Bila runtime privat pengguna bermasalah, hentikan aplikasi, hapus hanya runtime venv privat, lalu jalankan ulang agar dibuat kembali.
rm -rf ~/.local/share/qm-komputasi/runtime-venv
qm-komputasi-adsorpsi
Jika Anda menggunakan conda environment kimia, perbaiki paket di environment tersebut daripada menghapus data run.
3. Jika muncul NotFoundError / removeChild
Build 2.5.1 memasang guard translate=no karena penerjemah browser/extension dapat mengubah DOM milik React. Bila tab lama sudah telanjur diterjemahkan:
sudo apt install --reinstall ./qm-komputasi-adsorpsi_2.5.1-2_all.deb
qm-komputasi-adsorpsi
Lalu lakukan Ctrl+F5. Jika masih muncul, tutup tab lama dan buka kembali alamat Streamlit, atau uji sekali di Incognito/InPrivate tanpa extension penerjemah.
4. Backend tidak ditemukan
- MOPAC: pastikan executable MOPAC tersedia di PATH.
- xTB: pastikan executable
xtb tersedia di PATH.
- DFTB+: pastikan
dftb+ dan Slater–Koster sesuai sistem tersedia.
- Psi4: pastikan executable
psi4 tersedia.
- ORCA: pastikan executable ORCA tersedia dan lisensi/instalasi sesuai.
- Raman/G3MP2/NBO/OpenMM: pastikan engine tambahan dan dependensinya benar-benar tersedia.
5. Uninstall
sudo apt remove qm-komputasi-adsorpsi
Direktori ~/.local/share/qm-komputasi/ sengaja tidak dihapus otomatis agar riwayat run dan katalog molekul tidak hilang.
Dokumentasi ini diselaraskan dengan build QM Komputasi 2.5.1 Adsorpsi / paket DEB 2.5.1-2, termasuk studi energi adsorpsi tiga komponen, launcher port 8501, frontend stabil, folder-first results/ChatGPT, input deck TXT, utilitas terintegrasi, output ilmiah, dan Research Complete.
